LiJOT Asamblėja yra aukščiausia LiJOT valdymo institucija. LiJOT Asamblėjoje gali dalyvauti visos organizacijos, besidominčios LiJOT veikla, tačiau balso teisę turi LiJOT nariai.
Kasdieniniam LiJOT darbui vadovauja LiJOT Prezidentas ir LiJOT Valdyba renkami Asamblėjoje, dviejų metų kadencijai. Valdyba Prezidento teikimu formuoja vykdomąją instituciją - LiJOT biurą.
Pagrindinė LiJOT veikla vyksta komitetuose, kuriuos formuoja Valdyba. Kiekviena organizacija gali deleguoti atstovus į komitetus. Komitetus inicijuoja LiJOT nariai.
